Скрипт взял здесь http://www.iamroot.ru/2013/01/kontrol-izmeneniya-fajlov-v-linux.html

Скрипт:

#!/bin/bash

ulimit -t 20
checkdir="/bin /sbin"
filedb="/var/tmp/permsecdb"
email="test@iamroot.ru"

out=$(
exec 2>&1
umask 266
find $checkdir -type f -printf "%m\t" -exec md5sum {} \; >$filedb.tmp
diff $filedb $filedb.tmp
mv -f $filedb.tmp $filedb
)
if [ "$out" ];then 
 (date; echo; echo "$out") | mail -s "Change permsec `hostname`" $email fi

Скрипт проходится по всем файлам в папках из checkdir, считает их контрольные суммы MD5, результаты записывает в файл filedb и сравнивает его с результатами прошлой проверки командой diff. Если обнаружены изменения, отправляется оповещение на test@iamroot.ru, если нет, то ничего не происходит. Скрипт надо добавлять заданием в cron, чтоб выполнялся по расписанию.