Для запуска сторонних программ из программы на C# в начало программы вставляем строчку

using System.Diagnostics;

и после этого запускаем команды CMD из нашего кода следующим образом:

Process.Start("calc");

Эта строчка например запустит виндовый калькулятор.

А эта строчка откроет проводник на диске D:

Process.Start("explorer", "d:");

Так же можно запускать программы от имени другого пользователя, см. вамианты перегрузки .Start()