Микрософтом предлагается 5 способов управления серверами с Windows Server Core:

• Локально и удалённо через Windows PowerShell
• Удалённо через Server Manager
• Удалённо через оснастку MMC
• Удалённо через службы удалённых рабочих столов
• Установить недостающие элементы графического интерфейса

Это ссылка на статью от микрософта: Manage a Server Core Server. В ней расписаны все пять методов, и что делать например, если угораздило закрыть все окна с коммандной строкой.